随着行政审批制度改革的深化，多审批事项的协同化运行问题突显，已成为制约行政审批效能提升的重要阻碍。深圳市在推进审批事项规范化、标准化运行基础上，以整体政府建设理论为指导，依托信息化技术手段，成功实施以政府投资项目为代表、多部门协同化运作的跨部门协同办理改革。改革一是实施基于多审批事项的简化、规范，二是实现以项目为核心的整体数据集成，三是实现部门间审批数据的推送应用，实现多部门协同化运作。协同办理改革再造了审批业务流程，实现了审批方式方法的重大革新，探索出了审批制度改革的全新思路和全新路径，同时改革在结合本地实际的基础上体现了项目审批的一般规律，开发了基于业务运行的信息系统，具有较强的可复制性和可移植性。
随着行政审批制度改革的深化，单纯依靠审批事项的精简下放已经难以带动审批效能的提升，审批改革应该深入到审批事项内部，关注审批事项的具体实施、审批流程的优化再造。近年来，深圳市以政府投资项目审批领域为重点，依托信息化技术手段，按照整体政府、协同政府的运作理念，推行跨部门协同办理改革，再造审批业务流程，实现了审批方式方法的重大革新，探索出了审批改革的全新思路和全新路径。
2010年8月，深圳市政府启动了进一步深化政府投资项目审批制度改革工作，根据工作安排，深圳市政务服务管理办公室对政府投资项目涉及事项的受理条件、办理现状、部门间及部门内部业务流转关系等进行了全面梳理，从报建单位、审批部门、案例分析、调研梳理等四个方面对市政府投资项目实际办理过程中存在的问题进行调研分析，共收集各类问题30项，主要体现在：
办理时间过长。各职能部门虽然在提速、提效上取得了一定成绩，但往往只是从本部门角度出发，缺乏项目流程上的统筹考虑，房建类市政府投资项目从立项到施工许可证批复一般办理时限约为518个工作日，市政类政府投资项目约为473个工作日。审批程序繁琐复杂。市政府投资项目办理共涉及16个政府职能部门中的32个内设处室、24个下属单位，需办理96项以上审批服务事项，且没有明确统一的申报指引。审批办理存在问题。部分流程设置不合理、材料多次重复提交、审批与审查不分、受理环节不规范、审批超时等问题依然存在。非审批因素问题较多。发展规划与空间规划不衔接，有项目无地，有地不干净，征地拆迁难，设计需求变化大，报件不合规等问题都对项目正常推进产生影响。缺乏统筹协调机制。部门信息互不告知，大量事项需经市领导协调。
考虑到政府投资项目的特定属性，改革以政府投资项目审批工作的问题为导向进行了系统思考、顶层设计，从业务梳理、流程再造、制度建设、系统开发等四个方面整体推进，按照业务引领技术，技术驱动业务的运行模式，进行整体构建和分步实施。按照可操作、可持续的原则，改革不追求以行政命令实行一刀切的时限压缩，紧密贴合政府投资项目审批实际，以体制机制的优化解决制约审批的现实问题，实现审批流程的透明、规范和顺畅，确保可持续有质量的提速提效。
政府投资项目审批事项涉及的多个相关审批部门，依托各自审批系统开展业务，造成系统隔阻，也难以实现信息共享。为满足政府投资项目审批协同办理的需要，深圳市开发建设基于多部门、多事项协同化运作的综合性业务办理平台——跨部门协同办理系统，实现了审批全流程、全封闭、全监管的“闭环”运作。
协同系统建设按照“共建、共享、共有、共维”与“顶层设计、整体构建、分步实施、滚动发展”的原则，为申报对象、审批部门、管理决策机构、改革持续推进机构等相关部门和人员提供不间断、多渠道、全方位的网上查询、申报、预审、受理、会商、信息共享、业务督导、项目储备、提前介入、咨询投诉、联审联办和意见征询等功能服务。协同系统目前已纳入市政府投资项目和社会投资项目办理涉及的16个部门215项办理事项，并成功实现业务办理链条的协同化运作。截止2014年底，协同系统共登记市级基本建设项目1780个，完成受理业务7550项。依托协同系统，实现了市政府投资项目统一系统平台申报，实现改革工作的落地实施和集中化运行。
推进办理流程事项的清理、规范、简化、优化，实现集约化办理。推进审批部门内部梳理优化，完成办理流程的清理；建立市政府投资项目办理事项目录，实现办理事项目录化管理，实现目录事项与实际办理事项的对接和动态化调整；简化办理，取消重复提交材料和非必要性证明材料，规范明确含糊性材料；对项目建议书、环评、施工许可等调研发现的影响项目效率的关键环节问题进行优化；建立办理时限分类机制，将事项办理时限划分为即办、普通、复杂三类，合理调整项目办理时间。
以数据为核心，逐步推进集成化运行。完成项目基础数据提取整合，逐步建立完善项目档案；建立以项目代码为中心的项目审批数据集成，实现项目基础数据、报建数据、审批过程数据、审批结果数据的全系统关联性共享；实现了审批业务和项目办理过程的跟踪管理；建立完善数据检查保障机制；不断推进数据的集成应用，优化部门前后置关系，再造项目办理流程。
实现审批办理的协同运行。改革在理清政府投资项目业务流程的基础上，对每项审批事项的协同需求进行了个性化定制，采取个性化审批数据主动推送的方式，实现审批办理协同运行，全面取消了市政府投资项目部门间批复材料，实现了部门间批复性材料的电子化应用、防伪和保存，实现了以办理对象为核心的多批复证照及数据比对。改革在单一证照查询真伪的基础上，采用了以办理对象为核心的多批复证照集成方式，成功实现了审批办理由材料真伪向“业务真伪”的转变，从源头上真正杜绝了虚假申报。
简化规范办理环节和材料，缓解项目报建难。针对项目全流程办理环节进行简化。对部门批复性材料和相关共用复用证明性材料予以简化；对报建申请中出现的“其他相关资料、认为必要的其他资料、项目用地文件”等含糊性语句进行规范明确。共减少法定代表人身份证明、授权委托书、组织机构代码等证明性材料249份材料，占报件材料总数的24.2%；规范申报材料条目数555条，占报件材料总数的78%，规范申报材料总份数746份，占报件材料总数的74%。
加强了项目办理过程信息监管，解决了项目跟踪难、管理难的问题。协同系统实现了项目基础信息、审批信息、过程信息、办理信息的集成，通过跟踪项目办理流程，及时发现审批中的问题，正确判断制约项目办理整体效率的真正环节，了解项目推进的主要问题所在，解决项目跟踪管理难题。比如我们对部分事项内部流程进行了跟踪统计，有32个超期事项（市规土委、人居环境委、住建局、水务局、气象局）承办环节的办理时间过长，6个事项（市财政委、住建局）补齐补正环节用时较长。
比如通过协同系统对200多个超过2个月未报件项目的跟踪归类分析，发现影响报件效率的主要原因是招标过程、报告编写、施工图设计、专家论证等时间较长，组织报建等环节效率较低，项目建设方案多次更改，前期进度慢，占67.96%，而项目用地落实难问题仅占4.85%。
建立完善了协同办理运行机制。在理清政府投资项目业务流程的基础上，对每项审批事项的协同需求进行了个性化定制，确保协同数据能满足审批事项业务办理需求。同时，根据审批业务流程组织关系，全面梳理审批事项前后置协同数据需求，并采取个性化审批数据主动推送的方式，有效支撑业务协同。通过审批数据和证照的集成，市政府投资项目审批办理不再核查部门批复性证照文件原件和收取纸质材料，极大的优化了审批流程，方便了报建。协同系统自投入使用以来，不断调整、完善、总结，从组织保障、业务流程、系统应用、运行维护、安全管理等方面完善相关制度。同时，建立以周报为核心的日常监督检查管理机制，有效推动了改革的实施，为部门协同一体化运作提供保障。
跨部门协同办理改革以政府投资项目为切入点，目前已经拓展到重大社会投资基本建设项目等审批领域。将涉及重大社会投资基本建设项目的审批事项分批纳入协同系统，实行封闭运行、全程监管，推进信息共享、业务协同和审批督导。部门业务系统与协同系统实现对接，项目基础信息、审批过程信息及结果信息数据实时交换。
基于跨部门协同办理系统的良好实际使用成效，近期，在广西壮族自治区常务副区长的亲自推动下，广西壮族自治区正在积极协调移植跨部门协同办理系统。目前，系统移植已初步完成，正在抓紧推进后续适用性完善工作。